《方案》要求，各地交通运输主管部门要加强对本地区整车物流企业的监督检查，全面核查不合规车辆更新退出计划执行情况与新车购置情况，按月上报辖区内重点企业不合规车辆运输车更新改造情况，督促工作进展滞后的企业加快更新退出进度，不得使用未在申报系统申报的、超出退出期限的不合规车辆运输车运营，要引导本地区整车物流企业更多使用铁路、水路运输，提高乘用车长途运输中的铁路、水路运输比例，保持治理期间铁路、水路运输价格平稳。要督促乘用车制造企业根据整车物流企业车辆更新进度提前安排好运输计划，合理确定公路运输价格，保障整车物流市场有序运行。
对于超出退出期限或未在申报系统申报的不合规车辆运输车，《方案》指出，从2018年5月21日起，区别以下情况处理：
1.达到强制报废标准、公告牌证作废的，公安交通管理部门依据《道路交通安全法》第一百条规定予以收缴，强制报废，对驾驶人处二百元以上二千元以下罚款，并吊销机动车驾驶证。
2.属于非法改装车辆的，公安交通管理部门依据《道路交通安全法》第十六条和《机动车登记规定》第五十七条规定，责令恢复原状，并处警告或五百元以下罚款。
3.属于拼装车辆的，公安交通管理部门依据《道路交通安全法》第一百条，予以收缴，强制报废，对于驾驶人处二百元以上两千元以下罚款，并吊销机动车驾驶证。
4.对于车辆识别代号与行驶证不一致的，视情分别按照使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证或使用其他车辆的机动车号牌、行驶证处理，公安交通管理部门依据《道路交通安全法》第九十六条规定予以收缴，扣留机动车，处二千元以上五千元以下罚款，并记12分。其中，对使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证的，并处15日以下拘留。
5.发现存在上述4项情形的，各地公安交通管理部门要逐级报告至公安部交通管理局。公安部交通管理局及时通报交通运输部运输服务司，由交通运输部取消违法车辆所属企业所有不合规车辆运输车的过渡期。
同时，对于装载长度、宽度超出车辆运输车外廓尺寸，特别是双排装载、乘用车双轴装载于车辆运输车车厢后立柱外侧、在渡板等辅助装置上装载乘用车的，不论是否超出退出期限、是否在申报系统申报，公安交通管理部门依据《道路交通安全法》第九十条、《道路交通安全法实施条例》第五十四条规定，处二十元以上二百元以下罚款，并记分。